#SÉANCE PRATIQUE DE R***********************************************************

#Si le texte n'est pas bien affiche allez-sur File>Reopen With Encoding et 
#choissisez UTF-8 ou Windows-1252

#Partie 1_______________________________________________________________________
#1.0. Importer le jeu de données "FDAdata.csv" avec:
#File>Import Dataset>From text(base)

#1.1. Affecter les valeurs de la colonne Conc.As à l'objet conc.as


#1.2. Sélectionner les données des échantillons de l'Arkansas


#1.3. Pour créer un nouveau tableau de données avec les données de la Californie


#1.4. Pour réinitialiser la numérotation des lignes


#1.4b. Façons alternatives de sélectionner les données
data.ca.df <- subset(FDAdata,Origin=="California")
data.ca.tx.df <- subset(FDAdata,Origin!="Arkansas")

#1.5. Créer une fonction en R


#1.6. Pour executer la fonction calcul


#1.7. Créer un tableau de données


#1.8. Fonction d'aide. Aide sur la fonction "mean"


#1.9. Sommaire de statistiques descriptives


#EXERCICE 1 ******************************************************************

#1. Créez les vecteurs as.ca et as.tx pour stocker, respectivement, les données de 
#concentration d’arsenique dans les échantillons de riz provenant de la Californie 
#et le Texas. 

#2. Créez une fonction p.etr pour déterminer le pourcentage écart-type relatif 
#des concentrations d’arsenique des échantillons.

#3. Créez un tableau de données tab.riz.df avec les moyennes, médianes et 
#écart-type des données de l’Arkansas, Texas et Californie.

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#1.10. Création d'un histogramme

#1.11. Histogramme amélioré
hist(conc.as, 
     ylim = c(0,20), xlim = c(0, 12), 
     main="",
     xlab = paste("Concentration d'arsenic (ug/portion de 45 g)"), 
     ylab = paste("Fréquence"),
     col = "grey")

#1.12 Pour converir une colonne en facteur

#1.13 Boîtes à moustache avec ggplot2

#1.13b Boîtes à moustache avec ggplot2 améliorées
ggplot(FDAdata, aes(x=Origin, y=Conc.As, fill=Origin)) + 
  geom_boxplot(notchwidth = 0.5, outlier.size=3) +
  labs(x="Origine", y="Concentration d'arsenic (ug/portion de 45 g)") +
  theme_classic() 

#1.14 Création d'un tableau de données pour le graphique à barres
bardata.df<-data.frame(Origine=c("Arkansas", "Californie", "Texas"),
                       Moyenne=c(mean(as.ak),mean(as.ca), mean(as.tx)),
                       EcartType=c(sd(as.ak),sd(as.ca), sd(as.tx)))

#1.15 Création d'un graphique à barres avec ggplot2


#1.16 Création d'un graphique à barres avec ggplot2 amélioré
ggplot(bardata.df, aes(x=Origine, y=Moyenne, fill=Origine)) + 
  geom_col() + 
  geom_errorbar(aes(ymin=Moyenne-EcartType,ymax=Moyenne+EcartType), 
                width=0.2, size=1) +
  labs(x="Origine", y = "Moyenne", size=16) +
  theme_classic()+
  theme(text = element_text(size=20))

#EXERCICE 2******************************************************************
#1. Faites trois histogrammes, chacun avec les données de l’Arkansas, Californie 
#et Texas, respectivement. Utilisez des couleurs différentes pour les barres de 
#chaque histogramme.