#SÉANCE PRATIQUE DE R***********************************************************

#Si le texte n'est pas bien affiche allez-sur File>Reopen With Encoding et 
#choissisez UTF-8 ou Windows-1252

#Partie 2_______________________________________________________________________

#2.0. Importer le jeu de donnés "ATZdata.csv" avec:
#File>Import Dataset>From text(base)

#2.1. Calcul du ratio des aires


#2.2. Ajout d'une colonne Area.Ratio à ATZdata


#2.2b Selectionner des colonnes spécifiques
ATZdata2 <-subset(ATZdata, select= c(Type,Conc.ATZ))
ATZdata2 <-ATZdata[,1:4]

#2.3. Création d'un tableau de données avec les données des étalons


#2.4. Régression linéaire


#2.5. Sommaire de la régression


#2.6. Droite d'étalonnage


#2.6b. Droite d'étalonnage améliorée
plot(etal.df$Area.Ratio~etal.df$Conc.ATZ, 
     xlab="Concentration d'atrazine (ug/L)", ylab="Ratio des aires")
abline(reg.lin, col="blue")

#2.6c. Droite d'étalonnage avec ggplot
ggplot(etal.df, aes(x=Conc.ATZ, y=Area.Ratio)) + 
  geom_point()+ 
  stat_smooth(method= "lm", col="red")

#2.7. Diagramme des résidus


#2.7b. Diagramme des résidus amélioré
plot(residuals(reg.lin)~etal.df$Conc.ATZ,
     xlab="Concentration d'atrazine (ug/L)",ylab="Résidus")
abline(h=0, col="red")

#2.8. Extraction des paramètres de la régression


#EXERCICE 1********************************************************************
# 1 Créez les vecteurs suivants à partir de coeff.reg.lin.df :
# a. ord.org
# b. pente


#2 Créez les objets suivants :
# a. Un nouveau tableau de données samples.df avec les données des échantillons 
# dans ATZdata


# b. Une fonction determination.conc pour calculer la concentration des échantillons 
# dans samples.df


# c. Un objet conc avec les concentrations calculées pour tous les échantillons dans 
# samples.df

#******************************************************************************

#2.9 Ajouter la colonne des concentrations des échantillons au tableau de données


#2.9b. Pour ré-initialiser les indices de ligne
row.names(samples.df) <- NULL

#2.10. Création d'un vecteur avec les paramètres de régression
reg.data<- paste("R2=", 
                 round(som.reg.lin$r.squared, 4), 
                 ",",
                 "y=", round(pente, 4), 
                 "x +",
                 round(ord.org, 4))

#2.11. Droite d'étalonnage avec paramètres de la droite
plot(etal.df$Area.Ratio~etal.df$Conc.ATZ, 
     xlab="Concentration d'atrazine (ug/L)", 
     ylab="Ratio des aires", 
     sub=reg.data)
abline(reg.lin, col="blue")

#2.11b. Droite d'étalonnage avec paramètres de la droite utilisant ggplot
ggplot(etal.df, aes(x=Conc.ATZ, y=Area.Ratio)) + 
  geom_point() +
  stat_smooth(method = "lm", col = "red") +
  labs(y="Ratio des aires", x = "Concentation moyenne d'ATZ (ug/L)", caption = reg.data)+
  theme_classic()

#2.12. Création des vecteurs de moyenne et écart-type des données


#EXERCICE 2****************************************************************************
#1. Créez un tableau de données tab.res.df avec l'origine de chaque échantillon 
#ainsi que leurs moyennes et leurs écarts types


#2. Créez une graphique à barres avec les données de tab.res.df avec la fonction
#ggplot

#******************************************************************************

#2.13. Détermination de t de Student (alpha=0.05, n=3) et affectation à un vecteur t


#2.14. Calcul de l'intervale de confiance pour tous les valeurs


#2.15. Ajout d'une colonne IC.95 au tableau de données tab.res.df