#SÉANCE PRATIQUE DE R***********************************************************

#Si le texte n'est pas bien affiche allez-sur File>Reopen With Encoding et 
#choissisez UTF-8 ou Windows-1252

#Partie 3_______________________________________________________________________
#1.1 Boîtes à moustache avec ggplot2 
ggplot(FDAdata, aes(x=Origin, y=Conc.As, fill=Origin)) + 
  geom_boxplot(notchwidth = 0.5, outlier.size=3) +
  labs(x="Origine", y="Concentration d'arsenic (ug/portion de 45 g)") +
  theme_classic() 

#1.2 Graphique nuages de points avec ggplot2 (Importer Pizza.csv)


#1.2b Graphique amélioré
ggplot(Pizza, aes(carb, cal, colour=brand))+
  geom_point(size=2, shape="square") +
  theme(text = element_text(size = 20)) 

#1.2c Modification des axes
ggplot(Pizza, aes(carb, cal, colour=brand))+
  geom_point(size=2) +
  theme(text = element_text(size = 20)) +
  xlab("Glucides par 100 g (g)")+
  ylab("Calories (cal)")
  
#EXERCICE 1 ******************************************************************

#1. Testez les thèmes suivants sur les diagramme à nuage de points précédent:


#2. Utilisez dix couleurs différents en utilisant la couche
scale_color_manual(values=c("blue",…))

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#EXERCICE 2******************************************************************

#1. Faites un diagramme groupé des spectres infrarouge du polystyrene (PS) et le 
#polyéthylène (PE) en utilisant le jeu de données SpectresFTIR.csv 
#(les unités sont cm-1 pour nombre d'onde et pourcentage de tranmisttance pour 
#les valeurs de PE et PS.

  
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#1.3 Histogramme de type image miroir avec les données de contenu en protéine des pizzas
#de marque A et B

#1.4 Histogramme amélioré
ggplot(pizza.df, aes(x=x))+
  geom_histogram(aes(x=A, y=..density..), fill="steelblue", bins=20)+
  geom_label(aes(x=22, y=0.4, label="Pizza A"), color="steelblue") +
  geom_histogram(aes(x=B, y=-..density..), fill="seagreen", bins=20)+
  geom_label( aes(x=22, y=-0.4, label="Pizza B"), color="seagreen") +
  labs(x="Quantité de protéine par 100 g (g)", y="Densité") +
  theme_classic() +
  theme(text = element_text(size = 20))

#1.4 Boîtes à moustaches avec points individuels (jitter)


#1.4b Boîtes à moustaches améliorées avec points individuels
ggplot(FDAdata, aes(x=Origin, y=Conc.As, fill=Origin)) + 
  geom_boxplot(notchwidth = 0.5, outlier.size=1) +
  geom_jitter(color="black", size=1, alpha=0.9, width=0.1)+
  labs(x="Origine", y="Concentration d'arsenic (ug/portion de 45 g)") +
  theme_classic() 

#1.5 Diagrammes à barres en mode paysage

as.ak <- FDAdata$Conc.As[1:27]
as.ca <- FDAdata$Conc.As[28:55] 
as.tx <- FDAdata$Conc.As[56:71]

bardata.df<-data.frame(Origine=c("Arkansas", "Californie", "Texas"),
                       Moyenne=c(mean(as.ak),mean(as.ca), mean(as.tx)),
                       EcartType=c(sd(as.ak),sd(as.ca), sd(as.tx)))