#SÉANCE PRATIQUE DE R***********************************************************

#Si le texte n'est pas bien affiche allez-sur File>Reopen With Encoding et 
#choissisez UTF-8 ou Windows-1252

#Partie 2_______________________________________________________________________
#2.1. Histogramme avec courbe normale
x.bar <- mean(conc.as)
s.x <- sd(conc.as)

hist(conc.as, breaks=8, prob=TRUE, freq=FALSE,
     xlab="Concentration d'arsenic (ug/45 g)", xlim=c(0, 12),
     ylab="Densité", ylim=c(0, 0.3), 
     main="", col="grey")
curve(dnorm(x, mean=x.bar, sd=s.x), 
      col="red", lwd=2, add=TRUE, yaxt="n")

#2.2. Détermination de la cote Z de chaque donnée


#2.3. Ajouter la colonne Zscore aux données de FDAdata


#2.4. Nouvel histogramme avec données centrés
hist(cote.z, breaks=10, prob=TRUE, freq=FALSE,
     xlab="Concentration d'arsenic (ug/45 g)", xlim=c(-4, 4),
     ylab="Densité", ylim=c(0, 0.5), 
     main="", col="grey")
curve(dnorm(x, mean=w.bar, sd=s.w),
      col="red", lwd=2, add=TRUE, yaxt="n")

#2.5. Test de normalité	


#2.6. Pour faire diagrammes quantiles-quantiles


#2.6b. Diagrammes quantiles-quantiles amélioré
qqPlot(conc.as, 
       ylim = c(0,12), 
       xlab = paste("Quantiles de la loi normale réduite"), 
       ylab = paste("Quantiles de l'échantillon"))

#2.7. Test de Grubbs


#2.7.b Enlever une valeur extrême


#2.8. Test F


#2.9. Test t de Student


#2.10. Intervalle de confiance à 95%


#2.11. Création d'un tableau de données pour le test ANOVA
SPE.Opt <- data.frame(Methode=c("A", "A", "A", "A", "B", "B", "B", "B", "C", "C","C","C"),
                      Recuperation=c(98.31,102.20,96.75,97.15,89.15,87.95,108.12,92.95,88.11,85.23,81.05,89.12))

#2.11. Graphique de boîtes à moustache avec ggplot2
ggplot(SPE.Opt, aes(x=Methode, y=Recuperation, fill=Methode)) +
  geom_boxplot(notchwidth = 0.5, outlier.size=3) +
  labs(x="Méthode", y="Récupération (%)") + 
  theme_classic()+
  theme(axis.title = element_text(size = 20),
        axis.text = element_text(size = 15))

#2.12. Fonction d'analyse de la variance (ANOVA)

#2.13. Résumé des résultats d'ANOVA


#2.14. Test post-hoc de Tuckey HSD



#EXERCICE SUPPLÉMENTAIRE******************************************************************
# 1.Créez un tableau de données en R avec les données de N2 obtenus par 
#Lord Rayleigh en utilisant 2 colonnes: Origine et Masse.g

#2. Faites un diagramme de boîtes de moustache avec les données.
#3. Faites un test F et un test t de Student avec ces données.